A Diretoria do Instituto Oceanográfico comunica-se com os usuários USP e o público em geral através de sua Secretaria, aberta de segunda a sextas-feiras em horário comercial. É gerenciada por dois colegiados, o Conselho Tecnico Administrativo (CTA) e a Congregação, este último voltado para deliberação dos assuntos acadêmicos da Unidade. A Diretoria conta também com o apoio de quatro Assistências, responsáveis por áreas distintas de atuação. São elas: Assistência Acadêmica, Assistência Administrativa, Assistência Financeira e Assistência de Apoio Logístico, esta última voltada para o gerenciamento das duas Bases de Pesquisa e dos meios flutuantes (Navio Oceanográfico “Alpha Crucis”, Barco de pesquisa “Alpha Delphini” e demais embarcações).
