Comando-em-Chefe da Esquadra – por Vice Almirante Alípio Jorge – Comandante em Chefe de Esquadra
Administrativamente, a Esquadra é subdividida em Forças, as quais são organizadas de acordo com o meio ambiente em que suas unidades operam. Daí, temos, a ela subordinadas: a Força de Superfície (ComForSup), a Força de Submarinos (ComForS) e a Força Aeronaval (ComForAerNav). Para apoio ao Comando-Em-Chefe da Esquadra (ComemCh) na organização das diversas operações delegadas à Esquadra, existem ainda duas unidades a ele subordinadas: o Comando da Primeira Divisão da Esquadra (ComDiv-1) e o Comando da Segunda Divisão da Esquadra (ComDiv-2).
Além das Forças Navais, a Esquadra possui, sob sua subordinação, a Base Naval do Rio de Janeiro (BNRJ), situada na ilha de Mocanguê, na baía da Guanabara, onde fica sediada a maior parte de seus meios, o Centro de Adestramento Almirante Marques de Leão (CAAML), cuja a atividade principal é adestrar o pessoal que guarnece os navios da Esquadra, com ênfase no desempenho de Operações Navais e Controle de Avarias, e o Centro de Apoio a Sistemas Operativos (CASOP), destinado a garantir o pleno funcionamento dos sistemas de combate instalados nos navios e o Centro de Manutenção de Embarcações Miúdas (CMEM).
